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合成着色料は禁止されたものが多く、それ以外の合成添加物も第二次世界大戦以後に使われるようになったものが大半であり、使用の歴史も浅く、安全性が疑問視されてきた。
天然に存在しない化学合成添加物の毒性や、またまだリスク評価されていない蓄積性や環境ホルモン作用についても疑問視されている。
また、複合的な汚染が懸念されている。 厚生労働省が食品添加物認可前に行う各種安全性試験は、食品添加物を単品でのみ供試動物に投与するものであり、一般消費者が日々、複数の食品添加物を摂取している現状に鑑み、考えられる「複数の食品添加物同士による複合作用」は試験されていない。
タール色素を中心とした一部の添加物では発ガン性や染色体異常、催奇形性の危険性にもとづき、各国で規制されているものが日本では流通しているため、一部消費者が安全性に異議をとなえている。こうした疑問に対しては、食品安全委員会のホームページの他、JECFAでの科学的な審議結果が参考となる。
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